財政部中區國稅局表示，所得基本稅額條例立法目的，乃為維護租稅公平，確保國家稅收，建立營利事業及個人所得稅負擔對國家財政之基本貢獻，故依所得基本稅額條例第7條第1項規定，營利事業如享有租稅減免所得額優惠，在申報營利事業所得稅時，雖得自計算課稅所得額中減除，惟仍應依所得基本稅額條例規定併入基本所得額計算基本稅額報繳稅。

該局舉例說明，A公司107年度營利事業所得稅結算申報案，申報全年所得額1,260萬元，並自行申報減除適用促進民間參與公共建設法第36條規定免稅所得1,260萬元後，課稅所得額為0元。惟查A公司取得之主管機關投資計畫核准函，係在所得基本稅額條例（95年1月1日）施行後取得，不符合該條例第16條規定應在該條例施行前就經核准免稅或主管機關已核發完成證明或投資計畫核准函等，始得免予計入基本所得額。所以，A公司自行申報減除之免稅所得1,260萬元仍應計入基本所得額計算，經審核後基本所得額為1,260萬元（=課稅所得額0元＋合於獎勵規定免稅所得1,260萬元），應繳納基本稅額145萬餘元〔（基本所得額1,260萬元－50萬元）×12%〕。