獨資、合夥營利事業的盈餘，為資本主或合夥人的營利所得，應併入個人綜合所得稅申報，高雄國稅局提醒兩點，第一、此類所得在申報綜所時，不屬於稽徵機關提供查詢所得資料的範圍，資本主應自行列報；第二、盈餘不能按8.5%計算可抵減稅額。

國稅局官員表示，我國自2018年實施所得稅改方案，對獨資合夥的資本主或合夥人經營事業所得採穿透課稅，免再課營所稅，但所得必須列為個人綜合所得稅的營利所得項目，和過去要申報營所稅，之後再從申報綜所稅以憑證扣抵有所不同。

國稅局官員指出，如果獨資、合夥為小規模營利事業，由國稅局查定課徵銷售額，並依規定純益率計算營利所得；但如果不屬於小規模營利事業，則由獨資、合夥營利事業提供「營所稅結算申報損益」及「稅額計算表」，列報課稅所得額，再依此歸課個人營利所得，以免因漏報遭補稅及處罰。

高雄國稅局舉例，甲先生是A工程行的獨資資本主，A工程是使用統一發票的商號，且依規定辦理2021年度營利事業所得稅結算申報，不過甲先生在辦理2021年度綜合所得稅結算申報時，未將A工程行的盈餘列報營利所得。

國稅局查獲後，甲先生主張申報綜合所得稅時，是依稽徵機關查詢的所得申報，不過國稅局解釋，營利所得不屬財政部財政資訊中心，或稽徵機關依規定應提供的所得資料，因此仍要求甲先生補稅並處罰。

另外，官員提醒，獨資或合夥事業的盈餘因為不適用營所稅，所以不會有分派股利情況，因此資本主或合夥人獲得所得的就不是股利所得，而是營利所得，盈餘不能按8.5%計算可抵減稅額。

官員舉例，B先生以獨資商號成立一家小規模營利事業做網路銷售，經國稅局查定，B每月銷售額3萬元，一年為36萬元，依照純益率6％計算，B每年的營利所得為2萬1,600元（3萬元×12×6%）但B先生因不熟悉規定，將2萬1,600元視為股利所得，計算可抵減稅額1,836元（21,600元×8.5％），因此遭國稅局補稅。